学習院大学東洋文化研究所
http://www.gakushuin.ac.jp/univ/rioc/knowledgecenter/archive.html
学習院大学東洋文化研究所の蔵書は東アジア学ナリッジセンターのデータベースで検索することができる。モンゴル関係の蔵書が豊富と謳われており、善隣協会などの資料が数多く収められている。モンゴル語研究に関する資料も多少含まれている。
静嘉堂文庫
http://www.seikado.or.jp/menu.htm
日本および東洋の古典籍および古美術を収蔵する文庫。数多くの貴重な古典籍と古美術品を収蔵しており、内外の古典籍を研究者向けに公開する私立の専門図書館であると同時に、併設する静嘉堂文庫美術館を通じて収蔵品を広く一般に公開する美術館活動を行っている。研究に資するため原則として原本を提供するという方針をとっているため、きわめて貴重な宋・元版を除き、明以降の中国の版本などは全て古典籍の原書が閲覧に供されている。閲覧は予約制で紹介状が必要。モンゴル語関係の蔵書については未確認。
財団法人 無窮會
http://www.mukyukai.jp/index.html
神道、国学、国語国文、国史、漢籍、漢詩文、民俗学の古書。これらに関する明治以降の研究書、雑誌。閲覧のみが可能で、大学からの紹介状と会費を添えて入会した者のみ閲覧可能という、非常に敷居の高い図書館だ。無窮會東洋文化研究所という機関が存在するが、こちらは主に漢文学などを扱っているようで、モンゴル語関係の蔵書については未確認。同ホームページのリンク集には、漢籍の蔵書を検索するためのデータベースへのリンクが豊富だ。